Pada 2 Januari 2011 jam 2.00 petang, bermulalah sesi pendaftaran bagi pelajar Tingkatan 2,3,4 dan 5 untuk kelas dan asrama yang mana sesi persekolahan akan bermula pada keesokan harinya iaitu 3 Januari 2011.. Bangunan asrama serta bangunan sekolah yang telah dilakukan proses penambahbaikan semasa cuti seperti dicat baru, penukaran bumbung serta pemasangan penghadang hujan dapat menambahkan lagi keselesaan putera serta puteri SMSJ untuk terus berusaha untuk belajar bersungguh-sungguh..Setelah lama bercuti, kini tiba masanya pelajar-pelajar kembali ke sekolah bagi meneruskan sesi pembelajaran mereka di sini.. Suasana yang penuh dengan keceriaan memenuhi sesi pendaftaran ini.. Pada masa yang sama memberi peluang kepada ibu bapa untuk berjumpa dengan guru-guru kelas anak mereka..
Setelah selesai melakukan pembayaran, pelajar mengambil peralatan serta buku kerja di Koperasi SM Sains Johor dan terus ke asrama untuk mengemas barang dan pakaian di dorm masing-masing..
